Τα τρία κολυμβητήρια του ΕΑΚ Θεσσαλονίκης είναι το Εθνικό, το Ποσειδώνιο και της Νεάπολης. Το Εθνικό κολυμβητήριο βρίσκεται στο κέντρο της Θεσσαλονίκης, επί της οδού Αγίου Δημητρίου, απέναντι από το ΑΠΘ, το ΑΧΕΠΑ και τις φοιτητικές εστίες, σε οικόπεδο 14.540 τ.μ. Στεγάζει τρεις δεξαμενές κολύμβησης (δυο σκεπαστές, 25μ. και εκμάθησης, καθώς και μια υπαίθρια 50μ.), κυλικείο, γυμναστήριο και αποδυτήρια. Το οικόπεδο παραχωρήθηκε από το ΑΠΘ στη ΓΓΑ το έτος 1965 και κατόπιν οικοδομήθηκαν τα διάφορα σήμερα υφιστάμενα κτίσματα. Λειτούργησε για πρώτη φορά το 1975 με τους βαλκανικούς αγώνες κολύμβησης. Η θέση του είναι μοναδική διότι βρίσκεται σε πλαγιά λόφου με εξαιρετική θέα, δίπλα στο περιαστικό άλσος του Σέιχ Σου και ταυτόχρονα στο κέντρο της Θεσσαλονίκης δίπλα στο καμπ του ΑΠΘ.

Το Ποσειδώνιο κέντρο εγκαινιάστηκε με αγώνες κολύμβησης των ομάδων της Θεσσαλονίκης το 1978. Η έκτασή του ανέρχεται περίπου σε 70 στρέμματα. Βρίσκεται στην ανατολική παραλιακή πλευρά της πόλης επί της οδού Μ. Κάλλας, δίπλα στο Μέγαρο Μουσικής, επί της παραλίας. Στεγάζει τρεις δεξαμενές κολύμβησης (δυο σκεπαστές, 50 μ. και εκμάθησης, καθώς και μια 50μ. υπαίθρια), με αντίστοιχους χώρους κερκίδων, γυμναστήριο, κυλικείο, αποδυτήρια, ιατρείο, γραφεία κτλ. Περιλαμβάνει επίσης ανοικτά και σκεπαστά γήπεδα τένις, καθώς και ανοικτούς χώρους αθλοπαιδιών. Εθνικό και Ποσειδώνιο συνενώθηκαν το 2000 (ΦΕΚ Β 847 2000), όταν και συστάθηκε το πρώην πλέον Εθνικό Ναυταθλητικό Κέντρο Θεσσαλονίκης.

Στις εγκαταστάσεις τους γυμνάζονται καθημερινά αθλητές και αθλήτριες δέκα Ολυμπιακών Αθλημάτων: Κλασικής κολύμβησης, υδατοσφαίρισης, συγχρονισμένης κολύμβησης, καταδύσεων, τένις, τριάθλου και πεντάθλου. Εκεί προπονούνται κολυμβητές με αναπηρία και ένας σημαντικός αριθμός σωματείων της πόλης εκπαιδεύουν χιλιάδες αθλητές και αθλήτριες στα αθλήματα του υγρού στίβου. Στα δύο κολυμβητήρια γυμνάζονται φοιτητές πανεπιστημίων, μαθητές σχολείων και το κοινό της Θεσσαλονίκης.

Το κολυμβητήριο της Νεάπολης άνηκε στο ΕΑΚ Νεάπολης μέχρι το 2000, όταν και δημιουργήθηκε από συνένωση το πρώην πλέον Περιφερειακό Εθνικό Αθλητικό Κέντρο (ΠΕΑΚ) Θεσσαλονίκης. Πρόκειται για ένα κολυμβητήριο με πισίνα 25μ. με 13 διαδρομές, πισίνα εκμάθησης και κερκίδα.

Τα τρία κολυμβητήρια λειτουργούν για το κοινό από τις 10:00 ως τις 17:00 από Δευτέρα μέχρι και Παρασκευή. Τα Σαββατοκύριακα είναι κλειστά για το κοινό, λόγω αγώνων.

Το Ποσειδώνιο αθλητικό κέντρο περιλαμβάνει

  • Ανοιχτή πισίνα 50μ.
  • Κλειστή πισίνα 50μ.
  • Κλειστή πισίνα εκμάθησης
  • Γραφεία διοίκησης
  • 4 ανοιχτά γήπεδα τένις
  • 2 κλειστά γήπεδα τένις
  • 1 ανοιχτό γήπεδο τένις παιδικό
  • 10 ανοιχτά γήπεδα μπάσκετ
  • 1 ανοιχτό γήπεδο χάντμπολ
  • 2 ανοιχτά γήπεδα βόλεϊ
  • 2 κλειστά γυμναστήρια ενδυνάμωσης

Το Εθνικό κολυμβητήριο Θεσσαλονίκης περιλαμβάνει

  • Ανοιχτή πισίνα 50μ.
  • Κλειστή πισίνα 25μ.
  • Κλειστή πισίνα εκμάθησης
  • Γραφεία διοίκησης
  • Κλειστό γυμναστήριο

Το κολυμβητήριο της Νεάπολης περιλαμβάνει

  • Ανοιχτή πισίνα 25μ. με 13 διαδρομές
  • Ανοιχτή πισίνα εκμάθησης